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高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計的風險主要是稅務(wù)風險。在高新技術(shù)企業(yè)認定時稅務(wù)機關(guān)實際上是不參與的，他們只是根據(jù)科技管理部門認定的資料備案。但一旦認定了就必然會有享受稅收優(yōu)惠的事實，如果事后因各種原因被發(fā)現(xiàn)是虛假的，那么稅務(wù)機關(guān)和科技管理部門很可能會把責任推到出具高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計報告的會計師事務(wù)所身上。

一、如何控制高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計的風險

我們應(yīng)當運用職業(yè)判斷，以質(zhì)疑的思維方式評價所獲取證據(jù)的有效性，確定專項審計時需要特別考慮的重大錯報風險。如：

1.申報企業(yè)管理層存在為了申請高新技術(shù)企業(yè)資格以享受稅收優(yōu)惠政策的動機，可能導(dǎo)致高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入存在重大錯報。

2.高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入是否涉及重大的關(guān)聯(lián)方交易，使得高新技術(shù)產(chǎn)品收入作價不公允，以提高高新技術(shù)產(chǎn)品收入。

3.高新技術(shù)系統(tǒng)集成產(chǎn)品收入的確認，是否可能存在較大的隨意性從而產(chǎn)生高新技術(shù)產(chǎn)品收入確認的風險。

4.申報企業(yè)如何區(qū)分高新技術(shù)產(chǎn)品收入和企業(yè)的其他收入。

5.申報企業(yè)如何界定研發(fā)費用支出和企業(yè)的其他費用支出。

二、如何對研究開發(fā)費用實施進一步審計程序

我們從申報企業(yè)從立項和預(yù)算管理、人員管理、設(shè)備及材料管理、委托外部研究開發(fā)管理、結(jié)項管理等流程分析中識別研究開發(fā)費用的關(guān)鍵控制點，對研究開發(fā)費用實施進一步審計程序。

對人員人工：重點檢查應(yīng)付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、參加社會保險資料，結(jié)合研發(fā)部門人員名單，確定研發(fā)人員的工資費用是否真實，計算是否準確。對受雇的科研人員累計實際工作時間要有在183天以上證據(jù)。對企業(yè)存在多個研發(fā)項目的，還要按實際參與的項目進行歸集，若研發(fā)人員同時參與兩個或兩個以上項目應(yīng)按統(tǒng)計的工作量進行分攤，無工作量統(tǒng)計的，則選擇當期各項目直接投入占總投入比例進行分攤。

對直接投入：重點檢查管理費用、原材料明細賬、原材料購入、發(fā)出、結(jié)存明細表、相關(guān)費用分配表等，確認其結(jié)轉(zhuǎn)研發(fā)費用的合理性及金額的準確性。對于直接購入的能源、材料則檢查購入的發(fā)票、運輸單據(jù)、入庫單、領(lǐng)料單等，確認其真實性及與研發(fā)的項目相關(guān)性。對動力費用、共同使用的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費等按各種研發(fā)項目使用的工作量等方法計算后計入。

對折舊費用與長期待攤費用：重點檢查固定資產(chǎn)明細賬、長期待攤費用明細賬，檢查被申報企業(yè)年度新增固定資產(chǎn)及長期待攤費用的發(fā)票、固定資產(chǎn)的申購單、入庫單、驗收單，實地查看該部分設(shè)備，確定其是否真實存在，是否用于研發(fā)。符合各項折舊、攤銷的準確性。對購入時已計入研發(fā)費用的是否重復(fù)計提折舊。對屬于多個項目使用的，按各研發(fā)項目使用的工作量等方法計算后計入。

對設(shè)計費用：重點檢查管理費用明細賬—研發(fā)費用明細科目，檢查涉及費用支出的發(fā)票，付款申請審批單據(jù)，確認其費用發(fā)生的真實性及金額的準確性。委外設(shè)計費需查看合同、協(xié)議等。

對裝備調(diào)試費：重點檢查是否為大規(guī)模批量化和商業(yè)化生產(chǎn)所進行的常規(guī)性工裝準備，以確定是否可以計入研究開發(fā)費用。

對無形資產(chǎn)攤銷：重點檢查無形資產(chǎn)明細賬、管理費用明細賬，檢查無形資產(chǎn)購入發(fā)票、付款憑證、轉(zhuǎn)悠技術(shù)證書等資料，確認其真實性及攤銷金額的準確性。如屬于多個項目使用的，按各研發(fā)項目使用的工作量等方法計算后計入。

對委托外部研究開發(fā)費用：重點檢查管理費用明細賬、與委托外部研究開發(fā)費用相關(guān)的明細賬，委托外部研究開發(fā)費用的合同或協(xié)議，檢查發(fā)票、付款憑證，確認其發(fā)生的真實性及金額計算的準確性，是否關(guān)聯(lián)交易，關(guān)聯(lián)交易的發(fā)生金額應(yīng)按照獨立交易原則確定。關(guān)注是否按照委托外部研究開發(fā)費用發(fā)生額的80%計入研發(fā)費用總額。

對其他費用：重點檢查管理費用明細賬，費用分攤表，確認費用支出與研發(fā)項目的相關(guān)性及費用分攤的合理性。關(guān)注其他費用金額不高于研發(fā)費用總額的10%。如屬于多個項目的，按各項目直接投入占總投入比例進行分攤，若費用較小則直接計入某項目。